Le microbiote intestinal : histoire, définition, traitements

Le microbiote intestinal est sujet à de nombreuses recherches ces dernières années. Vous allez voir que les recherches auraient pu commencer bien plus tôt dans l’histoire de l’humanité, mais nous avons rencontré quelques obstacles qui ont entravé notre étude précoce du microbiote intestinal. Je trouvais ça plutôt fun de vous expliquer le commencement.

L’histoire du microbiote intestinal

Antoni Van LeeuwenhoekEn 1674, nous sommes encore sous le règne de Louis XIV quand, à côté de chez nous, un Néerlandais affirme déjà l’existence des bactéries et des protozoaires en améliorant considérablement le microscope inventé plus tôt dans l’Histoire par un autre Néerlandais (Jan Swammerdam). Le nom de cette personne est Antoni Van Leeuwenhoek. Il appela alors ces micro-organismes des « animalicules » signifiant « animaux minuscules »[1].

Antoni était non seulement un des pionniers dans la découverte de micro-organismes, mais il souffrait peut-être du syndrome de l’intestin irritable, car c’est lorsqu’il était malade, souffrant de diarrhées, qu’il a décidé d’observer et d’analyser ses selles, je vous épargne les détails. Une fois que cette découverte tout bonnement incroyable a été faite, le monde scientifique a décidé… de ne rien en faire pendant 200 ans !

Cela fait donc plus de 300 ans que l’on connait la présence de bactéries, et pourtant on ne sait toujours pas ce que représente un microbiote intestinal en bonne santé. Dit comme ça, on croirait à une mauvaise blague, mais non ! On a pu aller sur la Lune, mais on ne sait toujours pas ce qui nous fait mal au ventre… Enfin, nous ne savions pas, aujourd’hui, les chercheurs ont des pistes solides et intéressantes.

Même si l’on n’est pas encore certains de ce que représente un microbiote intestinal en bonne santé, je vais tout de même vous parler des découvertes de ces dernières années, afin que vous puissiez vous mettre à jour depuis l’époque de Louis XIV.

La découverte des toxines bactériennes : une révolution médicale incroyable

Robert KochC’est dans les années 1876 que l’on découvre le côté obscur des bactéries. En effet, un chercheur nommé Robert Koch (très connu pour la découverte de la tuberculose) publie une étude[2] démontrant que l’anthrax est causé par une bactérie nommée Bacilles anthracis. Cette publication fut la première preuve scientifique d’une longue lignée soutenant la théorie selon laquelle certaines maladies seraient en réalité causées par les bactéries. Ces hypothèses conduiront, par la suite, à la découverte – entre 1876 et 1906 – de 19 nouvelles espèces bactériennes pathogènes liées à des maladies infectieuses spécifiques. Ces informations scientifiques donneront naissance, plus tard, à la découverte des antibiotiques pour traiter les pathologies causées par ces toxines bactériennes. Une révolution totale de la médecine.

L’engouement pour les bactéries deviendra exponentiel, mais très rapidement, les scientifiques font face à un problème : ils découvrent que la grande majorité des micro-organismes ne sont pas cultivables. En effet, la plupart des micro-organismes observables au microscope ne pouvaient être cultivés en laboratoire car leur habitat est trop complexe pour les y extraire vivants. Pour schématiser, c’est un peu comme si l’on sortait un poisson de son état naturel, il serait incapable de « respirer » l’oxygène se trouvant dans l’atmosphère puisqu’il ne possède pas les organes nécessaires. Le poisson, retiré trop longtemps de son habitat naturel, mourra très rapidement. C’est la même chose pour certaines bactéries que l’on appelle « anaérobie strictes » : ce qui signifie que leur organisme ne peut pas survire en présence d’oxygène.

Ainsi, les scientifiques ont compris que les méthodes dépendantes de la culture bactérienne seule seraient totalement inadéquates pour étudier des populations complexes telles que celles se trouvant dans nos intestins. Ils ont donc cherché des méthodes alternatives.

Carl WoeseDébut 1960, un chercheur, microbiologiste américain, Carl Woese, va être le pionnier de l’étude moderne des micro-organismes en contournant le problème de leur culture. Les bactéries, comme nos cellules humaines, possèdent un code génétique. Le code génétique est une sorte de règlement qui détermine nos caractéristiques physiques et biologiques. Pour vous donner un exemple, dans mon code génétique, il est inscrit quelque part que j’ai les yeux marrons, les cheveux bruns, etc. Même lorsque je serai mort, on pourra sûrement retrouver mon code génétique dans certains de mes tissus (comme les os) et connaître, grâce à l’étude de mon ADN, quelles étaient mes caractéristiques physiques. C’est ce que Carl Woese a décidé de faire avec les bactéries !

Carl Woese a utilisé une technique pour « lire » le code génétique des bactéries. Cette technique, c’est l’analyse de « l’ARN ribosomique 16S ». Le problème fut définitivement contourné : nous n’avons plus besoin d’avoir des bactéries vivantes pour les analyser, nous pouvons prendre les selles d’une personne, sélectionner une fraction de bactéries se trouvant dans les selles, extraire leur ADN et déterminer l’abondance et la diversité de microbes dans l’échantillon prélevé.

Arbre phylogénétique de la vie. Carl WoeseEnfin, en 1977[5] Carl Woese et ses collègues font de nouveau une découverte majeure : ils découvrent la présence d’archées. Les archées (archaea) sont des micro-organismes longtemps considérés comme des bactéries (d’ailleurs Carl Woese les appela au début les Archaebacteria), capables de produire du méthane. Cette découverte a été prise avec beaucoup de scepticisme à l’époque mais fut confirmée par la suite. C’est en partie grâce à Carl Woese que les avancées modernes dans le syndrome de l’intestin irritable ont été permises ces dernières années. La boucle fut enfin bouclée quand Carl Woese fut décoré de la médaille « Antoni Van Leeuwenhoek » de l’Académie royale des arts et des sciences des Pays-Bas, presque 300 ans pile après la première découverte des bactéries par Antoni Van Leeuwenhoek[6].

Depuis, des méthodes plus récentes se sont raccrochées aux techniques découvertes par Carl Woese, notamment l’approche métagénomique. Cette technique donne accès à la totalité des gènes et donc des génomes dominants d’un écosystème complexe, comme c’est le cas dans le microbiote intestinal. Le but de cette approche est de créer une sorte de catalogue visant à identifier quels types de bactéries et en quelle quantité se trouvent dans l’intestin. En 2014, 10 millions de gènes ont étérépertoriés ce qui est absolument considérable[7] !

frise chronologique étude du microbiote intestinal

La flore intestinale ou le microbiote intestinal ?

On entend souvent les deux, mais il existe une différence. La « flore intestinale » est souvent plus connue et encore enseignée comme telle de nos jours. En fait, le terme « flore intestinale » ou « microflore » a souvent été utilisé comme synonyme de microbiote. La définition originelle de microflore date des années 1600 et provient du latin flor qui signifie « fleur ». Même si la définition a évolué, nous utilisons encore parfois le terme de flore intestinale, ce qui est techniquement faux puisque ce ne sont pas des plantes qui colonisent notre intestin mais bien des microbes[3]. L’association de microbes vivant dans un habitat particulier est désormais désignée sous le nom de « microbiote ».

Où en est-on dans la recherche sur le microbiote intestinal ?

Plus question d’attendre 200 ans pour avoir des réponses, les chercheurs d’aujourd’hui se sont massivement rassemblés pour créer des programmes de recherches d’envergure.

On compte actuellement plusieurs programmes internationaux[4] :

  • Human Microbiome project (HMP) – USA
  • International Human Microbiome Consortium (IHMC) – Australie, France, Canada, Chine, Gambie, Allemagne, Kazakhstan, Irlande, Japon, Corée du Sud, Espagne, USA
  • My new gut (EC) – Autriche, Australie, Belgique, Canada, Danemark, France, Allemagne, Irlande, Italie, Serbie, Espagne USA, UK
  • APC Microbiome institute – Irlande
  • MetaGenoPolis Program (MGP) – France
  • Canadian Microbiome Initiative – Canada
  • Intestinal Microbiomics Program – International

Pourquoi ne s’intéresse-t-on que récemment au microbiote intestinal ?

On n’avait pas vraiment le choix. Comme évoqué précédemment, il n’y avait pas la technologie nécessaire pour analyser les bactéries se trouvant dans nos intestins. Il aura fallu attendre des siècles depuis la première découverte des bactéries pour réellement identifier correctement ce qu’il se trouvait dans notre microbiote. Ces avancées technologiques ont permis de révolutionner, une nouvelle fois, la médecine et de considérer le microbiote intestinal comme un organe à part entière. Nous sommes chanceux d’être à l’époque où les découvertes se font si rapidement ! L’impact monumental de la découverte par Robert Koch du pouvoir pathogène des bactéries a conduit à la mise en place d’antibiotiques pour traiter des pathologies que l’on pensait à l’époque incurables.

Imaginez, une seule seconde, ce qu’il pourrait se produire, maintenant que l’on arrive à identifier les bactéries à l’intérieur de nos intestins. Je suis prêt à parier que dans quelques années, les chercheurs découvriront des thérapeutiques aussi spectaculaires que le furent les antibiotiques ! Ces thérapeutiques pourraient non seulement révolutionner la prise en charge des pathologies intestinales, notamment le syndrome de l’intestin irritable et les MICI (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin : maladie de Crohn et rectocolite hémorragique), mais aussi des pathologies qui, d’apparence, n’ont rien à voir avec les intestins. C’est le cas du diabète, l’obésité, la maladie de Parkinson, les maladies cardiovasculaires, les maladies gynécologiques, l’autisme, la schizophrénie, etc.

En attendant, faisons avec ce que nous savons déjà et, vous allez voir, c’est déjà considérable !

Le microbiote intestinal : c’est quoi au juste ?

game of thrones« L’hiver vient ! » Voilà ce que l’on entend à chaque saison de la très populaire série Game of Thrones. Pour situer les personnes qui n’auraient pas vu Game of Thrones, cette série prend lieu à Westeros, un grand territoire ressemblant à celui du Royaume-Uni.

À Westeros se trouve un roi, qui règne sur des seigneurs, eux-mêmes régnant sur leur population. L’idée de la série étant la conquête du territoire, du Thrones et donc le renversement du roi en place par quelques seigneurs non contents de la politique menée. Pour faire simple, c’est un peu l’histoire de la Révolution française mais avec des dragons.

Voici les 4 principales familles de seigneurs à Westeros.

  • Les Baratheon : la famille royale comptant Robert Baratheon comme roi actuel de Westeros. Une famille plutôt sympathique.
  • Les Lannister : la famille désirant le plus le Thrones, et donc fomentant en permanence des plans pour accéder au titre royal. Certains membres de la famille ne sont pas si mauvais cependant.
  • Les Stark : amis du royaume, dignes et ayant des principes honorables.
  • Les Targaryen : une famille qui a longtemps succédé au Thrones, mais étant des monarques fous, la population se retourna contre eux il y a fort longtemps. Daenerys, la dernière descendante des Targaryen compte bien reprendre le Thrones à l’aide de ses trois dragons.

Vous devez vous demander : « Mais quel est le rapport avec le microbiote intestinal ? » J’y viens !

Les études réalisées par les chercheurs internationaux ont permis de comprendre plusieurs choses, et notamment quelque chose d’important : les bactéries ne sont pas « juste » des bactéries aléatoires. Elles ont une organisation et une organisation très précise.

Elles sont à la conquête du territoire intestinal. Étrangement, l’organisation des bactéries dans le milieu digestif ressemble étroitement à celle décrite dans la série Game of Thrones ! Encore mieux, chaque groupe bactérien semble avoir des intentions semblables : devenir le groupe le plus important dans l’intestin et ainsi contrôler les autres. Cette histoire de domination n’est vraiment pas quelque chose de spécifique à l’être humain !

Le microbiote intestinal se compose aussi de 4 grandes familles qui s’affrontent pour obtenir la totalité du territoire :

  • Les Firmicutes
  • Les Bacteroidetes
  • Les Actinobacteria
  • Les Proteobacteria

Phylum microbiote

Ces « familles » se nomment en réalité des « phylums » bactériens. Les deux phylums Firmicutes et Bacteroidetes étant ceux qui représentent 90 %[11] du microbiote intestinal.

Si nous devions maintenant les comparer aux familles de Game of Thrones alors cela ressemblerait un peu à ceci :

  • Les Firmicutes seraient les Baratheon, une famille bactérienne qui nous veut plutôt du bien mais qui est constamment menacée;
  • Les Bacteroidetes seraient les Lannister, la famille qui peut profiter d’une faille mais qui peut aussi nous rendre service ;
  • Les Actinobactéries seraient les Stark, plutôt des bactériesqui ne nous veulent que du bien ;
  • Les Protéobactéries seraient plutôt les Targaryen, une famille qui ne nous veut pas du bien, souhaitant renverser le royaume actuel.

Laissez-moi vous présenter certaines bactéries se trouvant dans ces grandes familles (phylums). Je suis sûr que vous allez en reconnaître quelques-unes.

Les Firmicutes

FirmicutesLe phylum des Firmicutes[11] est composé de plus de 200 genres différents tels que Lactobacillus, Bacillus, Clostridium, Enterococcus et Ruminicoccus. Vous avez probablement reconnu le genre « Lactobacillus » si vous avez déjà pris des probiotiques. Ce sont des bonnes bactéries ayant un effet souvent positif sur l’intestin.

Certaines bactéries appartenant à la famille des Firmicutes[12] ont une sorte de superpouvoir. En effet, ces bactéries sont capables de produire, via la fermentation de certains végétaux, (la banane ferme, le riz, l’avoine, entre autres) un acide gras à chaîne courte nommé « butyrate ». Le butyrate est la nourriture préférée de vos cellules intestinales. Sans lui, votre intestin mais aussi votre système immunitaire ne fonctionneraient pas correctement, augmentant notamment la perméabilité intestinale[13].

Une des superstars bactériennes du phylum des Firmicutes s’appelle Faecalibacterium prausnitzii. Si vous souffrez de la maladie de Crohn ou de la rectocolite hémorragique, alors cette bactérie est probablement manquante chez vous[14]. Harry Sokol et Philippe Seksik, deux gastro-entérologues français et chercheurs, ont découvert en 2016[8] que cette bactérie pouvait produire une molécule très anti-inflammatoire nommée « MAM », en plus du fameux butyrate. Cette molécule « MAM » est capable de prévenir l’inflammation intestinale que l’on retrouve dans la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique.

Des recherches en cours ont pour but de trouver un moyen d’administrer cette bactérie bénéfique sous forme de gélule probiotique à prendre. L’objectif à terme serait potentiellement de traiter certaines formes de maladie de Crohn et de rectocolite hémorragique efficacement et sans effets secondaires importants.

Les Bacteroidetes

bacteroidetesLe phylum Bacteroidetes est composé de deux genres prédominants : les Bacteroides et les Prevotella. Ces deux genres ont été liés à des habitudes alimentaires drastiquement différentes ! Selon votre régime alimentaire, vous pouvez déjà supposer que vous avez un de ces genres bactériens dans vos intestins !

Les Bacteroides, sous-groupe des Bacteroidetes, sont des bactéries souvent retrouvées chez les personnes ayant un régime occidental, c’est-à-dire riche en sucre, graisses.

Quant aux Prevotella, qui sont aussi un sous-groupe des Bacteroidetes, ce sont des bactéries souvent retrouvées chez les personnes ayant un régime riche en fruits, légumes et glucides[9].

Les bactéries de ce groupe peuvent avoir des effets différents en fonction du contexte, pouvant être soit anti-inflammatoires, soit pro-inflammatoires. En effet, elles sont connues pour être des pathogènes opportunistes[25]. Ce sont des bactéries ni franchement bonnes, ni franchement mauvaises.

Les Actinobacteria

ActinobacteriaLe phylum Actinobacteria est moins présent dans le microbiote intestinal que le phylum des Firmicutes et Bacteroidetes. Le genre prédominant est Bifidobacterium que vous devez sûrement connaître puisque certaines de ces bactéries sont des probiotiques qui se trouvent dans des yaourts très connus, les Activia de Danone[10].

On les retrouve également sous forme de gélules de probiotiques à prendre en complément alimentaire dans le but d’améliorer le confort digestif.

Les Proteobacteria

ProteobacteriaLe phylum des Proteobacteria est, en revanche, bien plus connu que ses concurrents. Si vous souffrez de troubles digestifs, notamment de ballonnements, alors je vous présente le phylum qui en est probablement à l’origine. Dans quasiment toutes les pathologies intestinales, les bactéries se trouvant dans ce phylum (famille) sont en quantité trop importante et posent des problèmes considérables.

Les Proteobacteria sont un peu les pestes du microbiote, la bande avec laquelle on ne veut pas avoir affaire. Je vais vous présenter ces petites bestioles tenaces qui nous pourrissent la vie, et les maladies auxquelles elles sont associées.

Maladie de Crohn : la bactérie E. coli responsable ?

Escherichia coli est une bactérie qui se trouve dans le phylum des protéobactéries et son rôle est simple : obtenir le plus de place possible dans vos intestins afin qu’elle puisse proliférer et causer des problèmes.

Des chercheurs ont tenté d’identifier les bactéries potentiellement responsables de l’inflammation intestinale, notamment au cours de la maladie de Crohn. Ils découvrent qu’une souche de cette bactérie nommée Escherichia coli adhérent et invasif (AIEC) possède toutes les propriétés pour adhérer et envahir les cellules intestinales[15].

Cette petite teigne se comporte en véritable cheval de Troie, se faisant passer pour « amie ». Elle atteint alors les cellules intestinales et les contrôle totalement. Une fois qu’elle a réussi à pénétrer, elle déjoue tous les mécanismes de protection de la cellule, et entraîne la production de molécules très inflammatoires comme le TNF-alpha.

En effet, des études visant à comparer les personnes souffrant de maladie de Crohn et celles n’ayant pas de maladies inflammatoires intestinales, ont révélé que cette bactérie pouvait prendre le contrôle chez 36 % des malades souffrant de Crohn[16].

Rectocolite hémorragique : les protéobactéries encore responsables ?

Voici une pathologie que je connais particulièrement bien, puisque j’en souffre depuis de nombreuses années. La compréhension du microbiote intestinal et la relation avec mon alimentation m’ont permis de vivre correctement, en paix avec cette pathologie.

Des études récentes datant de 2013-2014 pointaient déjà un problème avec le phylum des protéobactéries dans le microbiote des personnes souffrant de rectocolite hémorragique. En effet, les chercheurs constatent pratiquement à chaque étude une augmentation considérable des bactéries provenant de ce phylum et une diminution importante d’autres bactéries anti-inflammatoires comme la très intéressante Faecalibacterium prausnitzii provenant du phylum des Firmicutes[17].

Syndrome de l’intestin irritable : les protéobactéries en sont-elles la cause ?

Le syndrome de l’intestin irritable, un problème digestif encore trop peu considéré, possède de nombreux mystères, désormais en partie élucidés. Nous en parlerons très précisément lors du chapitre dédié à cette pathologie.

On est aujourd’hui à peu près certains de la cause d’une des principales formes de syndrome de l’intestin irritable. Cette cause, dont nous parlerons plus tard, est provoquée par certaines bactéries… Je vous laisse deviner à quelle famille appartiennent ces bactéries : les protéobactéries ! Plus précisément, les bactéries responsables seraient[18] :

  • Escherichia coli
  • Salmonella
  • Campylobacter Jejuni
  • Shigella

Cette forme de syndrome de l’intestin irritable se nomme : « Syndrome de l’intestin irritable post-infectieux ».

Dossier complet : syndrome de l’intestin irritable (côlon irritable), symptômes, que manger, traitement efficace

SIBO : encore un coup des protéobactéries ?

Le SIBO, c’est la maladie des ballonnements par excellence. La bonne nouvelle c’est qu’il y a souvent des solutions efficaces pour s’en débarrasser. Les bactéries responsables dans le SIBO proviennent du groupe des protéobactéries pour la plupart, notamment E. Coli, Klebsiella.

Dossier complet : Maladie du SIBO : symptômes, test SIBO, traitement, quoi manger

Microbiote en bonne santé : que savons-nous ?

Nous l’avons vu, des découvertes importantes ont été faites ces dernières années concernant le microbiote intestinal. On pourrait facilement penser qu’il suffirait d’identifier le microbiote intestinal « parfait » puis l’injecter dans l’intestin de chaque individu malade. Ce serait formidable, mais en pratique, ce n’est pas possible, du moins pas chez tout le monde !

Au moment où j’écris ce livre, on ne sait toujours pas ce que représente un microbiote intestinal en bonne santé. Chaque individu semble arborer son propre microbiote. C’est un peu comme une empreinte digitale. Le point intéressant, c’est que les chercheurs semblent avoir identifié trois critères[11] appuyant un microbiote intestinal en bonne santé.

  1. La diversité bactérienne : c’est-à-dire une très grande variété de bactéries différentes.
  2. La stabilité dans le temps : au fil des années, il n’y a pas de changement radical du microbiote qui apparaît. Chaque phylum respecte bien la place qui lui est attribuée.
  3. La résilience : c’est-à-dire la capacité de revenir à son état originel après un gros changement (par exemple la prise d’antibiotiques).

Composition du microbiote intestinal des adultes

Composition du microbiote adulteLes chercheurs ont malgré tout tenté de quantifier les différents phylums[23] (les grandes familles bactériennes) se trouvant dans l’intestin afin de savoir s’il y avait une différence entre les adultes en pleine santé et les malades. Ce que l’on a découvert est vraiment très intéressant. On peut voir que les Firmicutes et les Bacteroidetes représentent plus de 90 % du microbiote intestinal.

D’un autre côté, nous savons déjà que les Proteobacteria sont des espèces bactériennes qui ne devraient pas proliférer et étendre leur royaume dans l’intestin. Chez une personne en pleine santé, la part des protéobactéries est assez faible. De l’ordre de 4,5 à 5 %[24].

Que savons-nous du microbiote des malades ?

À l’inverse du microbiote en bonne santé, les personnes malades tendent à avoir une augmentation de la part des Proteobacteria[24]. C’est notamment le cas des maladies métaboliques, inflammatoires et des cancers.

De plus, les critères d’un microbiote intestinal en bonne santé sont aussi affectés.

  • Les malades ont un microbiote instable dans le temps, c’est-à-dire un microbiote qui peut changer à tout moment.
  • Les malades ont un microbiote peu diversifié, comptant moins d’espèces bactériennes que les personnes en bonne santé.

Hyperballonné microbiote intestinal

Image tirée de mon livre : Hyperballonné?

On parle alors d’une « signature microbienne » qui permettrait de reconnaître le caractère déséquilibré du microbiote. Ce déséquilibre peut également se nommer « dysbiose intestinale ».

Le concept de dysbiose intestinale remet en cause la vision classique découverte par Robert Koch qui nous indiquait qu’une seule bactérie pouvait devenir pathogène en produisant une toxine infectieuse. Dans ce cas précis, il n’y a pas de bactérie, de façon isolée, qui pose problème mais bien un groupe entier (Proteobacteria) qui représente, collectivement un pouvoir pathogène.

Il existe des facteurs de variation du microbiote intestinal chez l’humain adulte, qui sont propres à chacun et qui le modifient tout au long de notre vie. Je vais vous en décrire quelques-uns de façon très succincte.

Les facteurs qui modifient le microbiote intestinal

Nous n’avons pas le même microbiote intestinal depuis la naissance, et ce microbiote, de la naissance à la petite enfance, subit des changements majeurs en fonction de facteurs bien particuliers.

Le système immunitaire

Le système immunitaire, et plus globalement les défenses de la barrière intestinale : les peptides antimicrobiens et les immunoglobulines produits par le système immunitaire permettent de contrôler les proliférations bactériennes dans l’intestin. Sans ce système de défense, nous serions en permanence en dysbiose intestinale.

Le mucus

Mettez le doigt dans votre nez, vous allez voir, c’est un peu mouillé. C’est du mucus ! Eh bien nous avons la même chose dans l’intestin. Le mucus possède plusieurs rôles dans l’intestin dont 2 très intéressants :

  • Il protège des bactéries pathogènes afin que ces dernières ne viennent pas mettre le bazar et causer de l’inflammation ;
  • Il nourrit certaines espèces bactériennes très intéressantes qui nous sont bénéfiques (notamment une espèce nommée Akkermansia muciniphila).

Ce mucus représente environ 50 % des apports nutritionnels des bactéries du côlon. Elles en ont besoin pour « manger » et proliférer : une consommation raisonnable du mucus par les bactéries n’est pas problématique. Lorsqu’il y a une prolifération bactérienne, la quantité trop importante de bactéries peut affecter l’intégrité du mucus, permettant aux bactéries de se confronter directement aux cellules de l’intestin. Cette confrontation peut entraîner une hyperperméabilité intestinale (l’intestin devient poreux et laisse passer des molécules étrangères dans la circulation sanguine).

C’est notamment le cas les pathologies suivantes :

La motilité de votre intestin

La fonction de mouvement de votre intestin, que ce soit à jeun avec le complexe moteur migrant ou pendant les repas avec le péristaltisme intestinal, permet d’évacuer les bactéries et de les amener vers le côlon. Une défaillance de la motilité mènera inévitablement vers une altération du microbiote intestinal par prolifération puisque les bactéries ne seront plus évacuées. C’est ce problème de motilité qui entraînera notamment des ballonnements et une sensation de ventre gonflé. C’est le cas du SIBO[21].

Les enzymes pancréatiques, l’acidité gastrique, les acides biliaires

Les sécrétions, produites par les différents organes du tube digestif, ont une action sur la digestion de nos aliments. Elles permettent également de protéger l’intestin de toute prolifération non désirée.

L’alimentation

L’alimentation est primordiale pour la constitution du microbiote intestinal. En effet, elle constitue les 50 % restants des apports énergétiques du microbiote. Nous l’avons vu précédemment, en fonction de votre alimentation, vous développerez certaines bactéries aux dépens d’autres, comme c’est le cas des Bacteroides et des Prevotella. Nous détaillerons l’aspect alimentaire, notamment en cas de ballonnements, ventre gonflé, dans la deuxième partie de ce livre.

Les médicaments

La prise de médicaments, notamment les antibiotiques et les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP : oméprazole) peuvent modifier le microbiote intestinal. En revanche, et il est important de le souligner, pris de façon ponctuelle et raisonnée, ces médicaments n’endommagent pas le microbiote sur le long terme. Ce dernier est capable de retrouver, en général, sa forme originale. C’est le fameux critère de résilience.

Le style de vie

Le sommeil, l’activité physique, les relations sociales, le stress sont autant de facteurs capables d’influencer le microbiote intestinal.

facteurs qui modifient le microbiote intestinal. Hyperballonné? Joris Vanlerberghe

Conclusion

Une longue route a été parcourue depuis la première découverte des bactéries par Antoni Van Leeuwenhoek. La découverte du pouvoir pathogène des bactéries par Robert Koch a conduit à l’élaboration d’antibiotiques. Aujourd’hui, le microbiote intestinal possède encore bien des mystères, et même si l’on ne sait pas encore parfaitement à quoi ressemble un microbiote intestinal sain, on est capable de reconnaître, de façon plus précise, certains groupes bactériens responsables de problématiques, notamment les Proteobacteria.

Références scientifiques

  1. Dobell, 1932.
  2. Blevins et 2010.
  3. Marchesi & Ravel, 2015.
  4. Stulberg, E., et al., 2016. An assessment of US microbiome research. Microbial. 1(1), 15015.
  5. Woese CR, Fox GE. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : the primary kingdoms. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977 Nov;74(11):5088-90.
  6. Noller, H. Carl Woese (1928-2012). Nature 493, 610 (2013).
  7. Li J, Jia H, Cai X, et al. An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome. Nat Biotechnol 2014 ; 32 : 834-41.
  8. Quévrain E, Maubert MA, Michon C, Chain F, Marquant R, Tailhades J, Miquel S, Carlier L, Bermúdez-Humarán LG, Pigneur B, Lequin O, Kharrat P, Thomas G, Rainteau D, Aubry C, Breyner N, Afonso C, Lavielle S, Grill JP, Chassaing G, Chatel JM, Trugnan G, Xavier R, Langella P, Sokol H, Seksik P. Identification of an anti-inflammatory protein from Faecalibacterium prausnitzii, a commensal bacterium deficient in Crohn’s disease. 2016 Mar;65(3):415-425.
  9. Wu GD, Chen J, Hoffmann C, et al. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enter-types. Science 2011 ; 334 : 105e8.
  10. https://www.danone.fr/nos-produits-laitiers-frais/activia/nature.html#ingredients
  11. Rinninella E, Raoul P, Cintoni M, Franceschi F, Miggiano GAD, Gasbarrini A, Mele MC. What is the Healthy Gut Microbiota Composition ? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. 2019 Jan 10;7(1):14.
  12. Louis P, Flint HJ. Diversity, metabolism and microbial ecology of butyrate-producing bacteria from the human large intestine. FEMS Microbiol Lett. (2009) 294 :1–8.
  13. Kelly CJ, Zheng L, Campbell EL, Saeedi B, Scholz CC, Bayless AJ, Wilson KE, Glover LE, Kominsky DJ, Magnuson A, Weir TL, Ehrentraut SF, Pickel C, Kuhn KA, Lanis JM, Nguyen V, Taylor CT, Colgan SP. Crosstalk between Microbiota-Derived Short-Chain Fatty Acids and Intestinal Epithelial HIF Augments Tissue Barrier Function. Cell Host Microbe. 2015 May 13;17(5):662-71.
  14. Zhao H, Xu H, Chen S, He J, Zhou Y, Nie Y. Systematic review and meta-analysis of the role of Faecalibacterium prausnitzii alteration in inflammatory bowel disease. J Gastroenterol Hepatol.2021 Feb;36(2):320-328.
  15. Darfeuille-Michaud A, Boudeau J, Bulois P, et al. High prevalence of adherent-invasive Escherichia Coli associated with ileal mucosa in Crohn’s disease. Gastroenterology 2004 ; 127 : 412-21.
  16. Barnich N, Darfeuille-Michaud A. Adherent-invasive Escherichia coliand Crohn’s disease. Curr Opin Gastroenterol. 2007 Jan;23(1):16-20. doi : 10.1097/MOG.0b013e3280105a38. PMID : 17133079.
  17. Machiels K, Joossens M, Sabino J, De Preter V, Arijs I, Eeckhaut V, Ballet V, Claes K, Van Immerseel F, Verbeke K, et al. A decrease of the butyrate-producing species Roseburia hominis and Faecalibacterium prausnitziidefines dysbiosis in patients with ulcerative colitis. 2014;63:1275–1283
  18. Spiller R, Garsed K. Postinfectious irritable bowel syndrome. Gastroenterology. 2009 May;136(6):1979-88. doi : 10.1053/j.gastro.2009.02.074. Epub 2009 May 7. PMID : 19457422.
  19. Turpin W, Lee SH, Raygoza Garay JA, Madsen KL, Meddings JB, Bedrani L, Power N, Espin-Garcia O, Xu W, Smith MI, Griffiths AM, Moayyedi P, Turner D, Seidman EG, Steinhart AH, Marshall JK, Jacobson K, Mack D, Huynh H, Bernstein CN, Paterson AD; Crohn’s and Colitis Canada Genetic Environmental Microbial Project Research Consortium; CCC GEM Project recruitment site directors include Maria Abreu, Croitoru K. Increased Intestinal Permeability Is Associated With Later Development of Crohn’s Disease. 2020 Dec;159(6):2092-2100.e5. doi : 10.1053/j.gastro.2020.08.005. Epub 2020 Aug 10. PMID : 32791132.
  20. Katinios G, Casado-Bedmar M, Walter SA, Vicario M, González-Castro AM, Bednarska O, Söderholm JD, Hjortswang H, Keita ÅV. Increased Colonic Epithelial Permeability and Mucosal Eosinophilia in Ulcerative Colitis in Remission Compared With Irritable Bowel Syndrome and Health. Inflamm Bowel Dis. 2020 Jun 18;26(7):974-984. doi : 10.1093/ibd/izz328. PMID : 31944236; PMCID : PMC7301402.
  21. Takahashi T. Interdigestive migrating motor complex -its mechanism and clinical importance. J Smooth Muscle Res. 2013;49:99-111. doi : 10.1540/jsmr.49.99. PMID : 24662475; PMCID : PMC5137267.
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Joris Vanlerberghe
Naturopathe Spécialisé en digestion et microbiote

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